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[分享] FSL与DTK的tensor顺序问题

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发表于 2025-8-4 14:01:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
【分享】FSL与DTK的tensor顺序问题

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本帖最后由 ___ 于 2025-8-4 14:02 编辑

在DTI(弥散张量成像)分析中,需要解算张量矩阵D(水分子沿梯度方向的扩散系数):


由于不区分xy与yx、xz与zx、yz与zy,因此只需要考虑矩阵下三角(或上三角)的结果,也即:



但是,在将以上参数保存到tensor文件(NIfTI文件,6个volume)中时,FSL工具箱的保存顺序如下:

也即通过FSL的dtifit命令(需要添加--save_tensor标识才会输出tensor)获得的tensor文件中,6个volume的顺序为[Dxx, Dxy, Dxz, Dyy, Dyz, Dzz]。


DTK(Diffusion Toolkit)工具箱的保存顺序如下:

也即通过DTK的dti_recon命令获得的tensor文件中,6个volume的顺序为[Dxx, Dxy, Dyy, Dxz, Dyz, Dzz]。


综上所述,两者在第3、4个volume上不同(FSL为xz、yy;DTK为yy、xz),在涉及到有关tensor的数据分析时(例如确定性纤维追踪分析、ALPS分析,等等),应当注意所使用的文件来源。


附注1:公司平台中有对此问题的处理,无需担心。
附注2:参考链接https://github.com/dipy/dipy/issues/1890


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